Entre 1959 y 1960 se crea la fundación del Patronato de Santa María la Real, formada por las diputaciones de Navarra, Guipúzcoa, Vizcaya, Álava, La Rioja, el Ayuntamiento de Nájera y la Orden de Franciscanos.

Entre otras funciones son quienes se hacen cargo de la conservación y restauración del monasterio que en su primera actividad estaba dirigida por D. Manuel Lorente Junquera, reformas que a medida de la disponibilidad y necesidades se van practicando en diferentes fechas hasta el día de hoy.

La Escuela de Patrimonio Histórico de Nájera, creada por Orden CUL/626/2008, de 29 de febrero (BOE de 10 de marzo), se instituyó con el fin de complementar los cometidos específicos del Instituto del Patrimonio Cultural de España.

Sus objetivos son la formación de especialistas en materia de protección, conservación y gestión de bienes culturales, así como la investigación, el estudio y la difusión de los criterios, métodos y técnicas de preservación y conservación del Patrimonio Cultural.